Административный Комитет Пилотной зоны регионального торгово-экономического сотрудничества «Китай-ШОС» создал 9 внутренних структур: комплексный департамент (носит название «Департамент партийно-массовой работы»), Департамент международной логистики, Департамент современной торговли, Департамент двусторонних инвестиций, Департамент делового туризма и культуры, Департамент морского сотрудничества, Департамент экономического развития (носит название «Департамент экстренного управления»), Финансово-экономический департамент, Департамент планирования и строительства. Также согласно правилам был создан Контрольно-ревизионного бюро.
Пилотная зона «Китай-ШОС» реализует модель управления «Административный Комитет + компания», что сглаживает уровни ответственности, продвигает роль компаний, как основных субъектов хозяйственной деятельности зоны и множество других важных механизмов.
