중국-상하이협력기구 지방경제무역협력시범구 관리위원회는 종합부(당과 군중 공작부라 칭함), 국제물류부, 현대무역부, 상호투자부, 비즈니스관광 문화부, 해양협력부, 경제발전부(응급관리부라 칭함), 재정금융부, 기획건설부 등 9개의 하위 부서를 관할하고 있다. 그리고 규정에 따라 기율 검사 및 감사 기구를 설립하였다.
상하이협력기구시범구는 "관리위원회 + 회사"의 운영 방식을 채택하여 관리 계층을 단순화하고 등급별 책임을 명확히 하며 회사형 단지 운영 주체 등 여러 중요한 제도를 실시하고 있다.
